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飞行时间质谱(MALDI-TOF)法SNP分析(PCR),就选TERMIPol DNA聚合酶

发布者:艾美捷科技    发布时间:2019-02-26     
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TERMIPol-DNA聚合酶 SNP

 

        单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每500~1000个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。SNP在CG序列上出现最为频繁,而且多是C→T。

 

      遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等领域都会涉及到SNP分型分析。

 

       SNP基因分型的常见方法有:

 

       Taqman 探针法、SNaPshot法、飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分型、HRM(高分辨率熔解曲线)分型等技术平台。其中,基于时间飞行质谱(MALDI-TOF)完成的SNP检测准确率可达99.9%,除了准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短等优势外,最有吸引力的应该还是它的性价比。飞行时间质谱平台(MALDI-TOF)是国际通用的基因单核苷酸多态性(SNP)的研究平台,该方法凭借其科学性和准确性已经成为该领域的新标准。

 

       为此,大家推荐使用Solis BioDyne,增强掺入非常规核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶,适合用于MALDI-TOF质谱法其他引物延伸平台:

 

名称 货号 是否热启动
TERMIPol® DNA Polymerase 01-03-00500
HOT TERMIPol® DNA Polymerase 01-06-00500

       * 如上TERMIPol DNA聚合酶产品均已通过了Bruker与 Agena BioScience平台的验证

 

       Agena 平台为例:《MassARRA系统》

 

       原理首先通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA(SNP位点前后各50bp左右),然后用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,然后加入一单碱基延伸引物,其3’末端碱基紧挨SNP位点,采用四种ddNTP替代dNTP。这样,探针在SNP位点处仅延伸一个碱基,连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异,确定该点处碱基。

 

       实验流程如下:

       1、 PCR扩增含有目的SNP 的DNA序列,并通过纯化去除未结合的dNTPs

       2、 iPLEX单碱基延伸:纯化后的PCR产物,针对每个靶点SNP设计一条延伸引物,在以ddNTPs为底物的体系中进行单碱基延伸,每个SNP的等位基因延伸产物仅为末端一个碱基的差异。

       3、 纯化,并将产物转移到SpectroCHIP芯片上,进行质谱检测,同一个SNP的等位基因由于分子量不同,形成不同的检测峰而被区分。  

 

TERMIPol-DNA聚合酶飞行时间质谱法

 

Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase将会用于上图中的单核苷酸延伸中

 

       已发表文章:  

       【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .

       【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

       【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.

 

       除了上述的高端的分子诊断神器,Solis BioDyne为客户提供终点PCR(end-point PCR),qPCR(real-time PCR),反转录PCR(Reverse transcription),以及其它PCR所需的配套试剂。产品线纵览图如下:  

 

终点PCR

 

       Solis BioDyne来源于欧盟-爱沙尼亚共和国,自1995年以来,Solis BioDyne一直致力于开发和生产高品质的生命科学试剂,现已成为当今欧洲领先的试剂供应商之一。高标准的生产标准和服务使Solis BioDyne成为全球值得信赖的首选PCR供应商。大家的DNA聚合酶,PCR Master Mixes,qPCR Mixes和其它试剂被全球110多个国家的研究者所使用,包括顶级研究机构和生物技术企业。

 

       Solis BioDyne拥有独家的蛋白质稳定技术专利,确保其PCR酶与PCR Mixes产品具有极高的稳定性,研究者可以常温运输以及常温下配置PCR反应体系(无需冰盒)。即使是室温放置30天,其酶活性也没有损耗。   作为Solis BioDyne在中国的区域总代理,艾美捷科技有限企业将为中国客户提供最全面的Solis BioDyne产品以及订制服务。  

 

Solis BioDyne代理 艾美捷科技有限企业

 


        前情提示:

       【1】高分辨率熔解曲线(HRM)分析预混Mix(PCR),用于基因筛查,

       【2】分子诊断研发不用愁,看看一步法多重PCR试剂盒-(基于探针)!  

 

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